Настоящие научные исследования озера начались в восемнадцатом веке. Здесь нельзя не упомянуть Д. Г. Мессершмидта, Г. Ф. Миллера, И. Г. Гмелина, Г. В. Стеллера, И. Г. Георги, П. С. Палласа. Во второй половине девятнадцатого века регулярное научное изучение Байкала связано, в первую очередь, с именами Бенедикта Дыбовского и Виктора Годлевского – ссыльных участников Польского восстания 1863-1864 годов. Энергичные, любопытные, целеустремленные, не любившие праздность, обладавшие неплохим общим образованием поляки заложили основы изучения рельефа дна озера, донных осадков, температурного и ледового режима. Б. И. Дыбовский по праву может считаться фактическим первооткрывателем необыкновенного богатства и своеобразия фауны Байкала, целого мира моллюсков и бокоплавов, равноногих рачков, малощетинковых и плоских червей, губок и бычков.
Вклад Академии Наук в изучение озера в ХХ веке достаточно полно освещен в широко научно-популярной литературе. Нам хотелось бы подробнее остановиться на исследованиях Байкала учеными Иркутского государственного университета.
История научной работы в университете естественно связана с историей исследования природы Байкала, поскольку Иркутский университет – ближайший к озеру и старейший крупный научный центр.
История происхождения озера всегда привлекала внимание геологов университета. Старейший геолог Иркутска, основатель геологической школы Восточной Сибири профессор А. В. Львов посвятил этому вопросу капитальную сводку «Геологическая история Прибайкалья и проблема образования Байкала». Работавший в университете в годы войны известный геолог С. В. Обручев, сын знаменитого академика В. А. Обручева, одного из первых геологов, занимавшихся «байкальским вопросом» еще в XIX веке, также посвящает ряд работ проблемам геологии озера. Крупный ученый Е. В. Павловский, публиковавший работы по истории происхождения озера в 30-е годы, после перехода в университет в 1946-м году практически целиком посвящает свои работы проблемам байкаловедения. «Байкальская проблема» постоянно находилась в центре научных интересов непосредственного ученика А. В. Львова – член-корреспондента АН СССР Н. А. Флоренсова. Вопросы истории байкальской котловины, происхождения озера всегда оставались главными темами его работы. Результатом ее стала новая модель происхождения впадины Байкала за счет действия мощного глубинного источника энергии и растяжения земной коры.
Изучение химического состава вод озера было начато основателем Иркутской химической школы, первым заведующим кафедрой химии и первым деканом химического факультета профессором А. Г. Франк-Каменецким. В дальнейшем изучение гидрохимического режима озера было продолжено его учениками, в том числе, ректором университета (1962-1967) П. Ф. Бочкаревым.
Первым научным учреждением биологического профиля на берегах озера была Байкальская биологическая станция, которая вскоре после создания в 1916 году, в 1919-м была передана университету. Уже первые профессора университета внесли существенный вклад в изучение биологии озера. С. И. Тимофеев исследовал байкальских многощетинковых червей, декан медицинского факультета В. Т. Шевяков – биологию донных животных и простейших, В. Ч. Дорогостайский составил первый определитель байкальских рыб. Первый декан физико-математического факультета Б. А. Сварчевский исследовал байкальские губки и инфузорий. Он же стал первым директором созданного по его инициативе в 1923 г. Биолого-Географического научно-исследовательского института (ныне Научно-исследовательский институт биологии). В. Н. Яснитский, бывший директором Байкальской биологической станции в 1925-1931 годах, описал динамику байкальского планктона, явление гигантизма байкальских организмов, первым связал перемещение омуля с развитием эпишуры.
Особым этапом в изучении биологии озера Байкал стали исследования Михаила Михайловича Кожова, бывшего студентом и аспирантом Б. А. Сварчевского. Именно М. М. Кожов организовал круглогодичные стационарные наблюдения за планктоном озера, ежегодные кругобайкальские экспедиции. Эти работы сейчас стали обязательным элементом исследований озера, именно им мы обязаны установлению закономерностей пространственного распределения байкальских организмов, его изменений во времени. Многочисленные экспедиции в различные районы Сибири помогли установить исторические связи животного мира Байкала и пролить свет на его происхождение и эволюцию. Одно из самых ценных наследий, оставленных М. М. Кожовым – созданная им школа байкаловедов. И в университете, и в Лимнологическом институте РАН, и в других научных организациях Сибири сейчас работают биологи – ученики М. М. Кожова первого, второго и уже третьего поколений.
Если при предшественниках и учителях М. М. Кожова - профессорах Иркутского университета Б. А. Сварчевском, В. Ч. Дорогостайском, В. Т. Шевякове, С. И. Тимофееве, В. Н. Яснитском только начало возникать представление о необходимости новой области знаний - науки о Байкале, если трудами М. М. Кожова она родилась и получила имя - байкаловедение, то работами О. М. Кожовой эта наука окончательно оформилась, обрела свой теоретический аппарат, устоявшиеся приемы и методы исследования.
Ольга Михайловна Кожова всегда находилась на переднем крае науки, внедряя и пробуя всё новое, показавшееся ей перспективным, и очень редко ошибалась. В теоретических работах она часто опережала современную ей научную мысль и по праву входила в число крупнейших экологов наших дней, которых можно перечесть буквально по пальцам. Ольга Михайловна никогда не замыкалась в рамках биологии. Она была в числе первых, осознавших, что для изучения экологии и, главное, для решения вопросов охраны природы следует профессионально знать не только такие сопредельные науки как географию (климатологию, гидрологию, геоморфологию, лимнологию) и геологию (геохимию, гидрогеологию, геотектонику), но и экономику, социологию, этнографию и юриспруденцию.
В результате многолетних научных исследований О. М. Кожовой, ее учеников и сотрудников, создана концепция изменчивости и устойчивости водных экологических систем центральной Азии (озера Байкал и сопредельных с ним озера Хубсугул, Иркутского, Братского, Усть-Илимского водохранилищ). Кроме того, были установлены причины изменчивости многих процессов, охарактеризованы антропогенные изменения озера Байкал, разработаны система комплексного экологического мониторинга, нормы экологически допустимого воздействия на озеро, стратегия сохранения биоразнообразия экосистемы Байкала, охватывающая как экологические, так и правовые аспекты сохранения биоразнообразия.