Из озера вытекает река Коточик, приток реки Турки. Весной, когда уровень воды в Турке бывает выше, чем в озере, река Коточик течет обратно в озеро Котокель. Уровень воды в озере на 10-12 м выше уровня Байкала. На озере есть один остров - Монастырский. Его площадь 2, 3 кв. километра, высота гористой части 100 метров. В 17-18 веках здесь находился скит от Свято-Троицкого Селенгинского монастыря, а также церковь Николая Чудотворца. От них до сих пор сохранились остатки амбаров, коптилен и прочих хозяйственных построек. Остров покрыт необычайно пышной растительностью, здесь в обилии растет красная смородина, есть ключи с очень вкусной водой. Котокель изобилует рыбой. В основном здесь водятся лещ, окунь, щука, сорога. Самые крупные окуни ловятся возле острова Монастырского.
На берегах озера есть два селения: село Исток у истока реки Коточик, и село Котокель - Баня. Вокруг озера расположены песчано-галечные пляжи, часть берегов сильно заболочена. Вода в озере летом хорошо прогревается. В конце июля, в августе акватория озера в некоторых местах зарастает водорослями. Оно давно используется для отдыха. Вокруг озера расположено несколько зон отдыха, которые находятся либо рядом с поселками, либо отдельно от них. Это зоны, в которые ведут дороги от км автодороги Улан-Удэ-Курумкан, зона на км, а также зона отдыха, дорога к которой ведет от села Гремячинск. Эти зоны пока не имеют названия. В зонах отдыха вокруг Котокеля расположено 90 объектов размещения туристов. Большинство из них работает только летом. Здесь же находятся места для летних кемпингов. По берегам озера много памятников археологии.